Die zu besprechenden Themen werden zunächst in Kleingruppen bzw. an runden Tischen diskutiert. Dort findet i. d. R. die meiste inhaltliche Arbeit statt. Die Gruppenarbeit wird durch einen oder eine Moderator*in pro Tisch begleitet, die Erfahrung in Gruppendiskussionen und Beteiligungsprozessen haben. So wird sichergestellt, dass alle Beteiligten zu Wort kommen.
Die Diskussion folgt einem vorgegebenen Ablauf. Die Ergebnisse der Kleingruppen werden mithilfe digitaler Methoden (z.B. via Tablet, Laptop) am jeweiligen Diskussionstisch an ein Redaktionsteam weitergeleitet. Dieses fasst die Ergebnisse zusammen und bereitet sie auf, sodass sie im Anschluss zur Abstimmung gestellt werden können.
Jede*r Teilnehmende hat dazu ein Abstimmungsgerät (ähnlich einer Fernbedienung), mit dem er seine oder sie ihre Unterstützung für bestimmte Vorschläge kundtun kann. Diese Abstimmungen können auch in mehreren Stufen, d.h. bereits während der Gruppendiskussionen, durchgeführt werden, um ein möglichst schnelles und inhaltlich breit akzeptiertes Vorankommen der Diskussion zu garantieren.
Zum Ende können die Ergebnisse der Denkfabrik in Form eines Reports an die zuständigen Entscheidungstragenden weitergeleitet werden.
